联盟由福州大学牵头，联合省内高校、行业协会、企事业单位和科研院所等。联盟实行理事会负责制。设立理事会和秘书处。理事会是联盟最高权力机构，设理事长1名，理事长由福州大学党委书记（校长）担任。理事会设立联盟秘书处，联盟秘书处为常设办公机构，对理事会负责，在联盟理事会的领导下开展日常工作，组织实施联盟年度工作计划。设秘书长一人、副秘书长两人，工作人员若干。设立联盟秘书长办公会，由联盟秘书长、副秘书长、联盟各合作单位负责人（代理人）组成。原则上每月召开例会一次，共同研讨和解决联盟建设过程中的问题。
联盟由学校牵头，联合企事业单位和行业协会联合开展人才培养、共同打造人才团队、共同开展科学研究和社会服务，促进产学研协同创新，提升区域数字经济创新发展水平。其中，福州大学、厦门大学、福建师范大学等学校在各自优势学科方向引领联盟其他学校的科学研究，提升省内高校在数字经济领域的整体科研实力；联盟企业依托学校科研团队，开展新技术的创新研究和推广应用，做大做强做优我省数字经济；学校和企业合作，大力推进产教融合的人才培养模式，面向数字经济领域培养高层次应用型专门人才。学校和企业、行业协会和金融机构联合共建数字经济平台和数据等共享公共资源，强化共享互补，协同推进数字经济公共资源的共享体制机制创新。
联盟实行以理事会领导下的工作专班负责制，按照协同发展、共建共享的原则，在内部组织框架、岗位设置、人员聘任、职称评定、研究方向、知识产权归属等方面建立符合联盟特点的运行管理模式。联盟根据年度任务目标和实际任务需求组织研究团队，采用双聘双跨、专兼结合、项目聘用、专家顾问等多元人事管理机制；采用“基础研究高保障、技术创新强激励、成果转化高分享”的科技人才分类评价模式;采用目标导向、需求驱动的科研组织模式，探索“政产学研用金”深度融合，“校校所企”协同创新模式，营造包容的创新文化和环境；依托福建省高校科技成果转化对接服务平台，促进科技成果转化和产业化。
联盟坚持创新驱动发展，积极探索适应联盟高质量、可持续发展的管理和运行机制。邀请教育厅、工信厅、数字办等政府部门参与联盟建设，申请相关政策和项目经费支持；建立重大事项、重大决策的沟通协商机制，健全成员单位常态化、制度化互动交流机制，促进联盟成员单位深度融合；建立产业重点攻关技术目录(库)，推进联盟高校和企业科研力量优化配置和资源共享，促进科技成果有效转化；建立以重大任务为牵引的人事管理机制，按照“按需设岗、择优聘任、合同管理”的原则，独立开展研究团队整体聘用和绩效考核;建立以创新价值、能力、贡献为导向的科技人才评价体系，以激发科技人才创新活力为目标，按照创新活动类型，引导人尽其才、才尽其用、用有所成；建立“产教一体、寓学于工”的人才培养机制，结合科学创新和实践创新，通过学科交叉和融合、以多渠道、多途径的产学研合作培养为路径，着力创新型、综合型、复合型的大数据人才培养。